基于生物信息学分析骨肉瘤肺转移的关键基因和功能鉴定

目的:采用生物信息学的方法筛选骨肉瘤肺转移的差异表达基因,并探讨其功能及调控网络。方法:从GEO数据库中筛选数据集GSE14359,使用GEO2R在线工具筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG);在线HMMD数据库下载骨肉瘤疾病相关的miRNA,FunRich软件预测靶基因,与DEG取交集,获得目标基因;根据靶向关系形成miRN A-mRNA关系对,数据导入Cytoscape可视化;DAVID对目标基因行GO和KEGG分析;STRING构建PPI网络,Cytoscape可视化,CytoHubba插件筛选中枢基因,在线网站进行表达和生存分析。结果:Empagliflozin说明书共鉴定出704个DEG,由477个上调基因和227个下调基因组成。FunRich预测出mRNA 7 888个,两者交集,获得目标基因343个。KEGGmedicated serum分析显示:主要参与焦点粘连、细胞外基质(extracellularmatrix,ECM)受体相互作用、肿瘤坏死因子(trmor necrisis factor,TNF)信号通路、PI3K-Akt信号通路、白细胞介素17(interleukin 17Galunisertib,IL-17)信号通路、MAPK信号通路。获得10个中枢基因(CCNB1、CHEK1、AURKA、DTL、RRM2、MELK、CEP55、FEN1、KPNA2、TYMS),CCNB1、DTL、MELK和预后不良高度相关。结论:该研究确定的关键基因和功能通路可能有助于了解骨肉瘤肺转移癌发生和进展的分子机制,并提供潜在的治疗靶点。

脓毒症患者血清VitD、FRT、HB-EGF表达情况与预后预测价值探讨

目的 探讨分析脓毒症患者血清维生素D(VitD)、铁蛋白(FRT)、肝素结合性表皮生长因子(HB-EGF)表达情况与预后预测价值。方法 选取2021年1月—2022年1月某院重症监护病房收治的86例脓毒症患者作为病例组,并选择重症监护病房中60例非脓毒症患者作为对照组。根据脓毒症患者1个BYL719纯度月后预后情况,将患者分为存活组和死亡组。入院时采集患者血清,检测血清VitD、FRT、HB-EGF水平,分析其表达水平与脓毒症患者预后的相关性,并采用受试者工作特征曲线下面积(AUC)评估其对预后的预测价值。结果 病例组脓毒症患者白细胞计数、C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)、肿瘤坏死因子(TNF-α)、白细胞介素(IL)-6、IL-1β、FRT水平高于对照组非脓毒症患者,VitD、HB-EGF水平低于对照组非脓毒症患者,差异均有统计学意义(均P<0.05)。随访脓毒症患者1个月后预后情况,55例存活,31例死亡。死亡组患者APACHEⅡ评分、SOFA评分、PCT、TNF-α、IL-1β、FRT高于存活组患者,而VitD、HB-EGF低于存活组患者,差异均有统计学意义(均D-Lin-MC3-DMA说明书P<0.05)。Pearson相关性分析结果显示,VitD与APACHEⅡ评分、SOFA评分、白细胞计数、CRP、PCT、TNF-α呈负相关关系(均P<0.05);HB-EGF与APACHEⅡ评分、CRP、PCT、TNF-α、IL-6、IL-1β呈负相关关系(均P<0.05);FRT与APACHEⅡ评分、CRP、PCT、TNF-α、IL-6、IL-1β呈正相关关系(均P<0.05)。血清VitD、FRT、HB-EGF联合检测预测脓毒Imaging antibiotics症患者预后的AUC为0.82(95%CI:0.72~0.86),灵敏度为84.39%,特异度为69.35%。结论 脓毒症患者血清VitD、HB-EGF水平较低,FRT水平较高,其表达水平与患者预后密切相关,对预测脓毒症患者预后具有较好预测价值。

机械压力作用下牙周膜干细胞细胞外囊泡对RAW264.7细胞破骨向分化的影响

背景:随着组织工程技术的发展,有关牙周膜干细胞成骨向分化相关潜能的研究众多,然而其对破骨细胞分化的调控机制尚不清楚。胞外囊泡(Extracellular vesicles,EVs)作为细胞间通讯的重要物质可能参与了这一过程。此外,牙周膜干细胞(Periodontal ligament stem cells,PDLSCs)的压力加载(Compressive force,CF)通常使用重力加压装置,研究表明重力加压方式存在加力不均等问题。因此构建稳定的牙周膜干细胞压力加载模型,并探索EVs是否参与了牙周膜干细胞对破骨细胞的分化调控具有重要意义。目的:本研究旨在构建三维培养的PDLSCs压力加载模型,探讨压力作用下PDLSCs来源EVs对RAW264.7细胞破骨向分化的影响,同时对机械压应力影响PDLSC寻找更多s释放EVs的机制进行探索。方法:1.分离人牙周膜干细胞并进行鉴定,将其接种在以Ⅰ型胶原为主要成分的支架中,并接种在Biopress压力培养板中,使用Flexcell-5000C压力培养箱对其进行压力加载,活死细胞染色检测PDLSCs在支架中活性,鬼笔环肽染色观察细胞骨架改变。2.分组:不加压对照组(Control);压力加载实验组(力值:5KPa,25KPa,45KPa,65KPa;时间:2h,6h,12h;)3.提取各实验组PDLSCs细胞上清,作为条件培养基加入RAW264.7细胞中;TRAP染色检测红染阳性的破骨细胞,Rt-PCR检测RAW264.7细胞中破骨相关基因TRAP,Cts-K及MMP-9的m RNA表达水平。以获取各加压组中促破骨分化能力最强的组别。4.免疫荧光实验,Rt-PCR及Western Blot检测该组压力加载下PDLSCs细胞中BMAL1的表达,同时应用抑制剂GSK4112抑制PDLSCs中BMAL1的表达。5.超速离心法提取各实验组PDLSCs细胞上清中的EVs,透射电镜(TEM)观察EVs形态特征,NTA检测EVs粒径及电位,Nano-FCM检测EVs表面标记物CD9,CD63,及CD81;超速离心提取单纯支架组(Scaffold)产物。6.将各组EVs及Scaffold组超速离心后产物作用于RAW264.7细胞,TRAP染色鉴定破骨细胞数目,Rt-PCR、Western Blot检测破骨相关基因m RNA及蛋白表达水平。结果:1.TRAP染色及Q-PCR结果显示,当压力加载数值为45KPa,12h时,牙周膜干细胞上清的促破骨分化作用最强。活死细胞染色及F-Actin染色显示压力作用下支架内牙周膜干细胞状态良好;2.免疫荧光实验,WB结果显示压力刺激下PDLSC中BMAL1的表达水平升高;抑制剂GSK4112的使用降低了压力上调的PDLSC中BMAL1的表达。3.TEM示提取的EVs形态为凹形扁盘状;NTA结果显示提取的EVs的平均直径在150nm左右,Talazoparib IC50压力刺激增加了EVs释放,浓度约为不加压对照组的3倍,GSK4112的使用逆转了压力促进EVs释放的作用。纳米流式结果显示提取粒子中CD9,CD63,CD81阳性表达的占比。4.TRAP染色结果示压力组胞外囊泡可诱导RAW264.7分化为破骨细胞;Q-PCR及WB结果显示RAW264.7细胞内破骨相关基因m RNA及蛋白表达水平升高。BMAL1抑制组PDLSCs胞外囊泡的促破骨细胞破骨向分化作用较单纯加压组降低(P<0.05)。结论:1.成功构建了PDLSC的三维压力加载模型,45KPa,12h条件压力加载下,PDLSCs上清促破骨分化作用最强。2.压力加载上调PDLSCs中BMAL1的表达。3.压speech pathology力加载PDLSCs细胞分泌EVs能力增强,BMAL1分子的抑制可降低压力促PDLSCs分泌EVs的作用。4.压力作用下PDLSCs来源EVs可促进RAW264.7细胞破骨向分化,BMAL1分子的抑制可逆转压力作用下PDLSCs来源的EVs的促破骨作用。

类风湿关节炎铁死亡特征基因CeRNA网络构建及免疫表现

背景:研究发现铁死亡相关基因在类风湿关节炎的发病机制中占据重要地位,但目前尚缺乏关于类风湿关节炎铁死亡特征基因的免疫表现及CeRNA互作网络的构建,而机器学习作为生物信息学中强大的特征基因选择算法能更精确地筛选出在Regorafenib体内类风湿关节炎发病机制中占主导地位的铁死亡特征基因。目的:利用生物信息学与机器学习方法筛选类风湿关节炎铁死亡特征基因,并分析铁死亡特征基因与免疫浸润的相关性及铁死亡特征基因CeRNA的网络构建。方法:从GEO数据库获取与类风湿关节炎相关的芯片,利用R语言提取铁死亡相关基因及其差异基因表达;使用机器学习方法对差异基因进行筛选,即运用LASSO回归与SVM-RFE方法进行特征基因筛选,对两者过滤后的基因进行再次交集,最终得到类风湿关节炎的特征基因,运用ROC曲线评估筛选后的疾病特征基因诊断疾病的准确性;利用CIBERSORT算法分析类风湿关节炎与正常滑膜组织的免疫浸润情况,并分析铁死亡特征基因与免疫细胞的相关性,最后构建类风湿关节炎铁死亡疾病特征基因的CeRNA网络mito-ribosome biogenesis并对疾病特征基因进行验证。结果与结论:(1)得到与类风湿关节炎相关铁死亡基因150个,其中55个上调基因,95个下调基因;(2)GO与KEGG富集分析分别得到18个GO显著相关条目与30个KEGG条目,主要涉及金属离子稳态、有铁离子稳态与氧化应激反应等;(3)机器学习分析最终获得疾病特征基因GABARAPL1、SAT1;(4)GSEA分析发现脂肪细胞因子信号通路、药物代谢细胞色素P450、脂肪酸代谢、PPAR信号通路、酪氨酸代谢主要集中在GABARAPL1高表达时,趋化因子信号通路、肠道免疫网络对IGA产生的影响主要集中在SAT1高表达时;(5)免疫浸润分析发现类风湿关节炎与9种免疫细胞与正常组织存在明显差异,其中浆细胞、T细胞CD8、T细胞滤泡辅助器在疾病组中为高表达状态,其余为低表达。单基因与免疫细胞相关性分析发现GABARAPL1在树突状静息细胞、激活的NK细胞、巨噬细胞M1等为正相关,其中与树突状静息细胞的相关性最为显著,STGF-beta/Smad抑制剂AT1与T细胞CD4与γδT细胞为正相关,与NK静息细胞为负相关;(6)GSVA分析发现抗坏血酸和醛酸代谢在SAT1表现为上调的基因高表达水平时候为上调,而B细胞受体信号通路、TOLL样受体信号通路、T细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等表现为下调,PPAR信号通路、烟酸盐和烟酰胺的代谢、色氨酸代谢、脂肪酸代谢、类固醇生物合成等在GABARAPL1表现为下调趋势;(7)60种长链非编码RNA可能在导致类风湿关节炎发展过程中发挥关键作用。提示:类风湿关节炎的发生与类风湿关节炎铁死亡疾病特征基因的异常表达显著相关,特征基因通过影响相关信号通路诱导疾病的发生发展,并通过对类风湿关节炎相关长链非编码RNA介导的ceRNA网络进行分析,识别出潜在的治疗靶点及信号通路,为进一步阐明其发病机制,并为后续的实验研究提供参考依据。

铁死亡:急性一氧化碳中毒迟发性脑病潜在治疗新靶点

急性一氧化碳中毒(ACMP),急诊科常见的有害气体中毒之一,可造成全身多器官损伤,尤其是中枢神经系统的损害。急性一氧化碳中毒迟发性脑病(DEACMP)是其中最严重且最常见的迟发性并发症之一,若不能及时有效的根治对患者的生存质量会造成严重的影响,且发病机制尚不完全清楚。目前研究主要GW4869体内实验剂量集中在探索针对一氧化碳中毒引起的缺血、缺氧、细胞凋亡、神经细胞毒性和神经炎症损伤等早期损伤的治疗策略。线粒体是一氧化碳(CO)作用的关键靶点,铁死亡的主要来源。铁死亡是一种铁依赖的,不同于细胞凋亡、坏死及自噬的调节tunable biosensors性细胞死亡途径。多项研究报道铁死亡与包括脑出血、脑梗死等在内的多种神经系统疾病之间的密切联系,干预铁死亡过程取得较好的疗效。近期有文献报道,铁死亡可能是ACMP后诱发迟发性脑Wee1抑制剂病的潜在机制,本文于此综述铁死亡在DEACMP中的作用机制,以期为临床治疗及基础研究提供新的理论依据和方向。

雷帕霉素对高糖高脂诱导的MIN6细胞铁死亡的研究

目的 探讨自噬诱导剂能否通过激活自噬减少高糖高脂诱导的小鼠胰岛β细胞铁死亡。方法 选取小鼠胰岛瘤MIN6细胞,通过25 mmol·L~(-1)高糖联合200μmol·L~(-1)棕榈酸钠(high Glucose and high Sodium Palmitate, GP)干预,建立胰岛β细胞损伤模型,在此基础上给予雷帕霉素(rapamycin, R寻找更多APA)及铁死亡诱导剂(erastin, Era)干预24 h后,用CCK8检测细胞活力;用试剂盒检测细Biomimetic water-in-oil water胞亚铁离子、谷胱甘肽(glutathione, GSH)、超氧化物歧化酶(Superoxide dismutase, SOD)、丙二醛(malondialdehyde, MDA)及活性氧(reactive oxygen species, ROS)水平;Western blot检测铁死亡相关蛋白谷胱甘肽过氧化物酶4(Glutathione Peroxidase 4,GPX4)和酰基辅酶A合成酶长链家族成员4 (acyl-CoA synthetase long-chain family member 4,ACSL4)、铁蛋白(Ferritin, FE)及自噬相关蛋白微管相关蛋白l轻链3Ⅱ(Microtubule—associated protein1 light chain3,LC3Ⅱ)、P62水平。结果 与对照组相比,GP组及Era组MIN6细胞活力Ferrostatin-1作用、GSH含量、SOD活力均降低,ROS、MDA及亚铁离子增多,GPX4蛋白表达水平降低,ACSL4、LC3Ⅱ、P62、FE蛋白表达升高(P<0.05)。与GP相比,RAPA干预后细胞活力增加,RAPA使亚铁离子、MDA及ROS水平降低,GSH、SOD含量、GPX4、LC3Ⅱ蛋白表达水平升高,ACSL4、P62、FE蛋白表达降低(P<0.05)。结论 铁死亡参与GP诱导的MIN6细胞损伤,其机制可能与自噬流阻滞有关。雷帕霉素可改善β细胞铁死亡。

负载过氧化铜的介孔二氧化硅纳米粒子协同化学动力学疗法和化疗联合治疗肿瘤

化学动力学治疗(CDT)是通过使用芬顿催化剂将细胞内过氧化氢(H_2O_2)催化成羟基自由基(·OH)以杀死癌细胞的一种新型治疗方法。然而,内源性H_2O_2含量不足以及单一治疗的局限性限制了CDT的治疗效率。本工作报道了一种负载过氧化铜(CuO_2)的介孔二氧化硅纳米颗粒(MSN)。其中,MSN内部负载化疗药物阿霉素(DOX),其表面负载催化3-Methyladenine半抑制浓度剂CuO_2封Blebbistatin分子量堵孔道,避免药物提前早释。在肿瘤微环境(TME)刺激下,CuO_2分解产生外源性H_2O_2和类芬顿离子Cu~(2+),Cu~(2+)消耗细胞内谷胱甘肽(GSH)生成Cu~+,Cu~+parasitic co-infection催化外源性H_2O_2生成高细胞毒性的·OH,协同化疗药物DOX实现CDT和化疗的联合治疗,提高抗肿瘤疗效。此外,体外细胞实验研究表明,该芬顿催化剂表现出良好的细胞相容性和优异的细胞毒性,为协同治疗肿瘤提供了一种新策略。

基于p38MAPK-PPARγ/NF-κB信号通路探讨消肿止痛合剂对血管内皮细胞bEND-3凋亡的影响

目的:从细胞及信号通路层面探讨消肿止痛合剂对皮瓣缺血再灌注损伤中血管内皮细胞凋亡的影响。方法:血管内皮细胞bEND-3培养。TNF-α体外细胞凋亡诱导模型建立并将细胞分为:p38MAPK抑制剂组、PPARγ抑制剂组、NF-κB抑制剂NSC125066 IC50组、模型对照组、空白组。微丝绿色荧光探针观察细胞骨架微丝。RT-PCR 法检测血管内皮细胞bEND-3细胞中p38MAPK、PPARγ 、Iκ Bα 、NF-κBmRNA 的表达。结Bemcentinib临床试验果:空白组中p38MAPK、PPARγ、IκBα、NF-κB的表达量无明显差异,模型对照组中p38MAPK与NF-κB的表达量最高,与模型对照组相比,p38MAPKmouse genetic models抑制剂组bEnd.3细胞中p38MAPK与NF-κB的表达被抑制,PPARγ、IκBα表达量升高(P<0.05);PPARγ抑制剂组中PPARγ、IκBα、NF-κB的表达被抑制,p38MAPK表达量升高(P<0.05),NF-κB抑制剂组中p38MAPK与NF-κB的表达被抑制,IκBα与PPARγ的表达量升高(P<0.05);与空白组相比,p38MAPK抑制剂组与NF-κB抑制剂组中p38MAPK、PPARγ、IκBα、NF-κB的表达量升高(P<0.05),PPARγ抑制剂组中p38MAPK与NF-κB表达量明显升高,PPARγ、IκBα表达被抑制(P<0.05)。结论:消肿止痛合剂可抑制bEND-3细胞凋亡,其机制与影响可能与p38MAPK-PPARγ/NF-κB信号通路有关。

A激酶相互作用蛋白1和瞬时受体电位通道1在舌鳞状细胞癌中的临床意义及其机制

[目的]探讨A激酶相互作用蛋白1 (A kinase interacting protein 1,AKIP1)和瞬时受体电位通道1(transient receptor potential channel 1,TRPC1)在舌鳞状细胞癌(tdirect to consumer genetic testingongue squamous cell carcinoma,TSCC)中的临床意义及影响TSCC的潜在机制。[方法]筛选2016年1月至2019年12月接受手术切除联合或不联合辅助放疗的TSCC患者194例,采用免疫组化染色和RT-qPCR进行TRPC1和AKIP1蛋白和mRNA的检测,根据表达情况分为高低表达组。通过String网站筛选与AKIP1、TRPC1蛋白相互作用的蛋白,将其导入Cytoscape软件并利用cytoHubba模块MCC法筛选出与AKIP1、TRPC1蛋白显著相关的蛋白,构建互作图;再利用KEGG rest API对密切相关的蛋白进行功能富集分析。[结果] TRPC和AKIP1在TSCC癌组织和癌旁组织的阳性表达率分别为59.8%、56.2%和40.2%、33.5%;TRPC1 mRNA和AKIP1 mRNA水平在癌组织和癌旁组织的平均值分别为2.3±1.3、2.3±1.1和1.4±0.9、1.1±0.4,高表达率分别为57.2%、50.5%和30.9%、33.5%,差异均有统计学意义(P<0.05)。TRPC1蛋白和mRNA表达,在不同N分期和TNM分期患者中差异均有统计学意义(P<0.05)。AKIP1蛋白表达,在不同N分期和TNM分期患者中差异有统计学意义(P<0.05),AKIP1m RNA表达,在不同N分期、TNM分期和病理分级患者中差异均有统计学意义(P<0.05)。Pearson相关性分析显示,TRPC1和AKIP1蛋白表达呈正相关,TRPC1 mRNA和AKIP1 mRNA表达也呈正相关(P<0.05)。高表达TRPC1和AKIP1的患者生存期明显劣于低表达患者(P<0.05)。采用String网站和Cytoscape软件筛选出与TRPC1和AKIP1密切相关基因21个,并经KEGG富集分析,结果显示这些基MK-2206价格因主要富集于血小板激活、钙信号通路、TRP信号通路的炎性调控、Rap1信号通路、cAMP-PKG信号通路、VEGF信号通路等。[结论] TRPC1、AKIP1高表达与TSCC预后差相关,两者可能通过Rap1、VEGF等信号通路的激活进而参与肿Lorlatinib瘤的进展。

剥脱性点阵CO_2激光治疗儿童烧伤后增生性瘢痕的临床效果研究

目的:探究剥脱性点Z-IETD-FMK半抑制浓度阵CO_2激光治疗儿童烧伤后增生性瘢痕的临床效果、不良反应及患者的满意度,为儿童瘢痕患者激光治疗提供更有价值的科学依据。方法:收集2020年10月至2023年03月就诊于蚌埠医学院附属蚌埠市第三人民医院美容门诊和烧伤门诊符合纳入和排除标准的儿童烧后增生性瘢痕的患者临床资料。所有患者分为激光组和对照组,激光组又分为1-2次亚组和3-4次亚组。激光组在常规抗瘢痕治疗(压力治疗及外用硅酮类药物)基础上采用剥脱性点阵CO_2激光治疗1-4次,治疗间隔时间为1-3个月;对照组仅进行常规抗瘢痕治疗。激光组分别在治疗前、治疗后2个月,对照组在瘢痕bioartificial organs病程为3个月、6个月时采用温哥华瘢痕量表(Vancouver scar scale,VSS)对瘢痕的色泽、血管分布、厚度、柔软度进行评分,以视觉模拟评分法(Visual Analogue Scale,VAS)对瘢痕的瘙痒程度进行评分。所有数据采用SPSS 19.0软件进行分析,根据资料的类型和性质采用配对t检验、Wilcoxon秩和检验或卡方检验进行分析。结果:激光治疗1-2次亚组的VSS评定的血管分布、柔软度、总体评分较治疗前明显降低(P<0.05);3-4次亚组VSS评定的色泽、厚度、血管分布、柔软度、总体评分较治疗前明显降低(P<0.05)。各组治疗后瘢痕的改善程度有所不同,与对照组相比,激光治疗1-2次亚组和3-4次亚组的改善程度更明显(P<0.05),3-4次亚组改善程度优于1-2次亚组(P<0.05)。与确认细节治疗前相比,激光治疗后不同部位瘢痕的VSS评分除面颈部(厚度、柔软度)、双上肢(血管分布)、双下肢(厚度)评分外,其余项目评分差异均具有统计学意义(P<0.05)。激光治疗1-2次亚组和3-4次亚组治疗后的瘙痒评分较治疗前改善明显,差异均有统计学意义(P<0.001)。对照组瘙痒评分6个月评分较3个月时略有改善,差异有统计学意义(P<0.001)。激光组不良反应的发生率(9/60)与对照组(5/30)无显著差异(P>0.05)。激光组患者的总体满意度高于对照组(100%(60/60)vs.73.3%(22/30),P<0.001)。结论:采用点阵CO_2激光治疗儿童早期烧伤后增生性瘢痕有很好的疗效,可有效抑制瘢痕增生、改善患者瘙痒程度等,医患双方满意度较高。