掌叶覆盆子是一种药食同源植物，具有很高的经济价值。本研究通过转录本进行SSR标记资源的分析。利用覆盆子转录组数据开发SSR，并且对能潜在扩增的SSR所在序列进行了功能基因注释。我们总共取得了664 637 576个测序片段(99.72 G)，最后获得44 209条拼接片段，所有片段长度达到了58 887 703 bp。在这些SSR中10 113个单核苷酸重复，6 791个双核苷酸重复，2 638个三核苷酸SSR，164个四核苷酸SSR和30个五核苷酸SSR和77个六核苷酸SSR。除了单核苷酸SSR外，其中双核酸SSR是最为丰富(34.27%)，其次是三核苷酸SSR (13.31%)。本研究参考了拟南芥的序列进行注释，SSR所在序列中3 676条序列在KEGG中得到了注释PD-0332991 IC50，其中注释多的Bio-based nanocomposite为次生代谢产物的生物合成中1 641个基因，其次为植物激素信号途径中的867个基因等。这些标记信息将丰富掌叶覆盆子及至整个悬钩子属的分子标记库、为后Naporafenib MW续的遗传多样性研究、基因定位以及分子育种提供有效工具。