DNA N(6)-甲基腺嘌呤(DNA-6mA)是真核生物中一种新的表观遗传标记,其在基因组DNA中的分布和功能尚不完全清楚。尽管最近的研究表明,6mA存在于多种模式生物中,并在发育过程中受到动态调节,但鸟类物种中6mA的基因组特征仍有待阐明。本研究采用6mA免疫沉淀测序方法分析了在鸡胚发育过程(胚胎孵化期5日龄至出生后1日龄)中8个时间点(E5,E7,E9,E12,E15,E18,E20,D1)肌肉基因组DNA中6mA的分布和动态变化。然后将6mA免疫沉淀测序数据与转录组测序数据联合分析,以揭示6mA在基因表达调控中的作用。最后结合以往的研究结果,探索6mA参与肌肉发育的可能途径。主要结果如下:1、在鸡胚胎孵化期5日龄至出生后1日龄的生长发育过程中,其骨骼肌全基因组6mA甲基化的总体模式呈现出从E5到D1的动态变化。与此同时转录组在胚胎骨骼肌发育期间也显示出持续变化。2、6mA甲基组数据分析显示,相较于启动子和基因体,6mA在基因间区域显著富集(P<2.2e-16);相较于其它类型的基因,6mA在蛋白编码基因上显著富集(P<2.2e-16);相较于更长的常染色体,短的常染色体往往具有更高的peaks覆盖率,线粒体DNA上peaks覆盖率最高(23.82%);6mA修饰具有区域特异性,并在基因转录终止位点下游富集。3、全基因Dibutyryl-cAMP IC50组中6mA peaks的覆盖率随着胚胎骨骼肌的发育呈下降趋势(Spearman’s r??=?-0.69,P?=?0.058),但在寻找更多不同基因元件和重复元件上的分布模式相对稳定。4、6mA修饰与有表达的蛋白编码基因的表达显著相关,启动子中6mA的存在可能抑制了基因表达。这些6mA修饰基因主要在胚胎器官发育、调控、和其他相关途径中富集。5、N6AMT1和DNMT3B是鸡体内潜在的6mA甲基转移酶。7个基因(MATK、ENSGALG00000005956、HSPB8、OASL、LRATD1、XKR9和ENSGALG00000051278)的6mA水平和基因表达之间显示出显著的负相关(P<0.05)。6mA可能通过下调HSPB8和OASL表达,参与肌肉发育和免疫过程。综上所述,本研究提供了6mA修饰在鸡基因组中广泛存在的证据,并展示了关于该表观遗传标记全基因组分布的初步数据。启动子区的6mA修饰会抑制基因表达,而一些与发育相关基因的启动子被6mA修饰,表biocidal activity明6mA可能参与鸡胚胎的发育。此外,6mA可能通过调节HSPB8和OASL表达参与肌肉发育和免疫功能。总之,这些结果将有助于我们进一步了解禽类基因组的表观修饰及其作用,并为禽类发育研究提供参考。