【目的】 了解上海市虹口区新报告人类免疫缺陷病毒（HIV）-1感染者的基因亚型分布和抗病毒治疗前的耐药水平，为调整抗病毒治疗方案提供理论参考依据。【方法】 以上海市虹口区2016年新报告119例HIV-1感染者为研究对象，通过核酸抽提获得血浆样本中HIV-1核酸，采用In-house方法对HIV-1核酸进行反转录扩增并获得Pol区基因，然后对HIV-1 Pol区基因测序，最后对病毒基因亚型、抗病毒治疗前耐药情况进行分析。【结果】 共获得89例HIV-1 Pol区基因片段，HIV-1病毒基因亚型分布为CRF07AG-221体内＿BC占38.20%，CRF01＿AE占35.Long medicines96%，B亚型占13.48%，CRF08＿BC占7.87%，CRF55＿01B和URF0107重组亚型各占2.25%；有13例样本存在耐药相关基因突变，其中对蛋白酶抑制剂（PIs）有耐药相关基因突变有3例，对非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTIs）耐药相关基因突变有9例，对核苷类逆转录酶抑制剂（NRTIs）耐药相关基因突变有1例。治疗前耐药有7例（7.87%，7/89），其中2例高度耐药、1例中度耐药和4例低度耐药；有2例（2.25%，2/89）高度耐药属于治疗前耐药监测列表和传播耐药标准，突变位点分别位于M184V（NRTIs）和K103N（NNRTIs），对依非韦伦、奈韦拉平、恩曲他滨和拉米夫定预测为高度耐药。【结论】 应加强HIV-1基因亚型监测和耐药监测，重点关注独特重组基因亚型和治疗前耐药基因突变，尤其寻找更多是URF0107重组亚型以及与依非韦伦、奈韦拉平、恩曲他滨和拉米夫定药物相关的传播耐药突变。