目的：探讨苗药组方熏蒸疗法Zinc biosorption对家兔早期膝骨性关节炎（knee osteoarthriti,KOA）模型差异表达基因进行层次聚类分析的意义。方法：将新西兰兔40只随机分为4组，空白对照组、模型对照组、苗药熏蒸组、清水对照组，每组10只。采用木瓜蛋白酶在兔NSC 125973供应商膝关节腔内注射的方法复制早期KOA模型，造模成功后用苗药熏蒸疗法治疗20天，运用基因芯片检测技术对软骨组织的基因表达谱进行检测，最后将得到的原始数据通过RMA算法进行预处理，通过相关基因分析软件进行差异基因（difference gene,DEG）分析，并对其基因表达谱进行聚类分析。结果：DEG分析显示，模型对照组与空白对照组比较，差异显著基因有827个，上调435个，下调392个；苗药熏蒸组与模型对照组比较，差异显著基因有208个，上调112个，下调96个；清水熏蒸组与模型对照组比较，差异显著基因有152个，上调93个，下调59个。聚类分析显示，每个实验组的标本基本为一类，每个标本重复性好，每个实验组与对照组比较，它们的基因表达各有特点。结论：基因芯片检测可以发现苗药熏蒸疗法治疗早期KOA的差异PF-6463922表达基因，而聚类分析发现其相关基因的改变及其基因表达的特殊性。