基因多态性快速可视化检测新方法建立及临床初步评价

随着药物基因组学工作的推进,越来越多的基因标志Schmidtea mediterranea物和药物作用之间的关系被发现。单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)作为一种重要的基因标志物,能够解释相关药物疗效的个体化差异,携带不同基因型的患者,其对于同一种药可能出现治疗效果良好,治疗效果稍差,无效甚至产生毒性反应的差异。因而SNP被广泛用于药物的个体化治疗,帮助临床确定给药种类以及给药剂量,减少严重不良反应发生,保证药物治疗的有效性与安全性。现在临床所使用的检测SNP的标准方法为测序,其仪器精密,价格昂贵,操作繁琐,不能及时提供SNP信息,并不适合在资源有限地区的大规模使用。因此,为推进个体化医疗,临床上还需要一种快速,成本经济,适合大规模使用的SNP检测方法。为了解决以上问题,本课题在实验室前期建立可视化检测平台的基础上,发展了 SNP的可视化检测方法。该方法使用PCR扩增核酸,核酸侵入反应识别单碱基差异并放大信号,以纳米金作为报告分子,整个反应在单管内随着程序温度的变化依次进行,肉眼可判读结果,仅用一台PCR仪即可完成检测,摆脱了对精密仪器的依赖。且本方法灵敏度至20拷贝/反应,准确性高,19例血液提取人基因组DNA(genomic DNA,gDNA)样本检测结果与临床焦磷酸测序检测结果符合率为100%。为了简化操作步骤,实现SNP的快速检测,本课题进一步建立了基于口腔拭子快速裂解的SNP快速可视化检测方法。该方法简单处理口腔拭子样本,6 min内即可得到gDNA样品,并进行SNP可视化检测,90 min内可完成从样本到结果的过程。本方法对样本的处理过程简化,处理时间缩短,实现了快ZD1839价格速、简便的SNP检测。本方法灵敏度最低可至20拷贝/反应,29例真实口腔拭子样本检测结果与临床焦磷酸测序检测结果符合率为100%。最后,为表明所建立的基于样本快速裂解的SNP可视化检测方法,适用于临床来源广泛的样本的检测,建立了基于全血快速裂解的SNP可视化检测方法。该方法使用血液作为样本,通过裂解液简单处理,约6 min即可得到gDNA,并进行SNP可视化检测,90 min内可完成从血液样本到结果的过程。7例真实血液样本检测结果与临床焦磷酸BMN 673临床试验测序检测结果符合,表明所建立的基于样本快速裂解的SNP可视化检测方法可以应用于临床广泛的样本。综上所述,本课题建立了一种快速、简便、成本经济的SNP可视化检测方法,闭管检测,肉眼判读结果,仅需一台PCR仪即可完成检测,不依赖精密仪器,不需要复杂的操作场所,可以满足资源有限地区的SNP检测需求,具有惠及临床的应用价值。